日南車站建於民國11年的日式建築，是標準的海線木造車站，本站最大的特色，是那設在側邊高處，狀似牛眼的「牛眼窗」，從月台觀看，便可以見到醒目的牛眼窗就穩穩的鑲在高處，而車站四周草木茂密，綠意盎然，儘管夏日再熱，太陽再大，在本站也享受綠蔭帶來的清涼。大致上是英國及德國的混合建築樣式。除了典雅構造外，另外可見當年與國際同步接軌的木造窗架及廊柱，並有以泥土混合米糠及石灰砌成的牆壁。